Sebagai salah satu unggulan, Rumah Sakit Umum Santo Antonius memberikan pelayanan holistik terhadap pasien yang mengalami saluran cerna, baik di bidang penyakit dalam dan bedah.

Dalam bidang penyakit dalam, RSSA dilengkapi dengan alat endoskopi. Endoskopi adalah salah satu sarana diagnostik yang minimal invasif untuk memeriksa permukaan organ di dalam tubuh dengan memasukkan alat berupa selang yang flexible. Alat ini tidak hanya dapat melihat organ dalam tubuh secara langsung tetapi dapat juga sebagai alat tindakan untuk melakukan biopsi, mengambil benda asing. Alat Endoskopi yang tersedia di RS St. Antonius adalah :

1. Gastroskopi : saluran pencernaan mulai dari kerongkongan hingga usus 12 jari
2. Colonoskopi : saluran pencernaan mulai dari usus besar hingga anus

Selain itu jika dibutuhkan tindakan bedah, maka RSSA memiliki pelayanan bedah saluran cerna yang dapat membantu seperti tumor di saluran cerna dan hati, gangguan pada usus, dan lainnya.